مخطوطات پر تحقیق علوم اسلامیہ کا ایک اہم باب ہے۔ اہل ذوق اس حوالے سے بڑی محنت کے بعد مخطوطات جمع کرتے ہیں اور ان کی حفاظت، تدوینِ نو کا انتظام کرتے ہیں۔ باحثین اس پر تحقیق و تنقید کے بعد انہیں جدید معیار کے مطابق پیش بھی کررتے ہیں۔ علوم اسلامیہ میں تحقیق کرنے والوں کو ان لائبریریز سے رجوع کی ضرورت پڑتی رہتی ہے۔ اس لیے یہاں ان ذخیروں کا تعارف دیا جارہا ہے۔